Las infecciones persistentes por SARS-CoV-2 pueden actuar como reservorios virales que podrían sembrar futuros brotes, dar lugar a linajes muy divergentes y contribuir a los casos con secuelas post-agudas de COVID-19 (COVID persistente). Sin embargo, la prevalencia poblacional de infecciones persistentes, su cinética de carga viral y su dinámica evolutiva a lo largo de las infecciones siguen siendo en gran medida desconocidas. Mahan Ghafari y colegas del Big Data Institute, Pandemic Science Institute, Nuffield Department of Medicine, Department of Biology, University of Oxford, Oxford, en Reino Unido, utilizando datos de secuencia viral recopilados como parte de una encuesta nacional de infección, identificaron a 381 individuos con ARN del SARS-CoV-2 con un título alto que persistía durante al menos 30 días, de los cuales 54 tenían ARN viral que persistía durante al menos 60 días. Estas “infecciones persistentes”, representan una replicación viral en curso, aunque no se puede descartar la persistencia de ARN no replicante en todas. Las personas con infección persistente tenían más de un 50 por ciento más de probabilidades de reportar COVID persistente que las personas con infección no persistente. Entre el 0.1 % y el 0.5 % de las infecciones pueden volverse persistentes, con cargas virales altas que suelen rebrotar y durar al menos 60 días. En algunos individuos, identificaron muchas sustituciones de aminoácidos virales, lo que indica períodos de fuerte selección positiva, mientras que otros no tuvieron cambios de consenso en las secuencias durante períodos prolongados, lo que es consistente con una selección débil. Las sustituciones incluyeron mutaciones que definen el linaje de las variantes del SARS-CoV-2, en los sitios diana de los anticuerpos monoclonales y/o que se encuentran comúnmente en personas inmunodeprimidas. La asociación entre la infección persistente y el COVID prolongado no implica que todas las infecciones persistentes puedan conducir a COVID prolongado (solo el 9% de las personas con infección persistente informaron tener COVID prolongado) ni significa que todos los casos de COVID prolongado se deban a una infección persistente. De hecho, se ha sugerido que muchos otros posibles mecanismos contribuyen al COVID prolongado, incluida la autoinmunidad/inflamación, el daño a los órganos, la reactivación del virus de Epstein-Barr y la microtrombosis. Estas observaciones destacan la importancia continua de la vigilancia genómica basada en la comunidad, tanto para monitorizar la aparición y propagación de nuevas variantes, como para obtener una comprensión fundamental de la historia natural y la evolución de los nuevos patógenos y sus implicaciones clínicas para los pacientes.
Ghafari, M., Hall, M., Golubchik, T. et al. Prevalence of persistent SARS-CoV-2 in a large community surveillance study. Nature (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-07029-4